Đường bộ

Quế Sơn có các trục đường lộ chính sau:

• Quốc lộ 1A đi qua huyện, có các cầu như: cầu Bà Rén (bắt qua sông Bà Rén), cầu Phú Phong (thường gọi Cống Ba), cầu Hương An (bắc qua sông Ly Ly)
• Cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi
• Quốc lộ 14E cũ từ thị trấn Hà Lam đến chợ Đàng đi theo Tỉnh lộ 611 và Tỉnh lộ 611A đi thị trấn Tân Bình, Hiệp Đức và Khâm Đức, Phước Sơn
• Tỉnh lộ 611 bắt đầu từ Quốc lộ 1A tại ngã ba Hương An nối với Tỉnh lộ 610 tại ngã ba Trung Phước, đi qua hầu hết các xã của huyện đến thị trấn Đông Phú đến giáp huyện Nông Sơn tại đèo Le
• Tỉnh lộ 611A nối Tỉnh lộ 611 (tại ngã ba Quế Sơn) với Quốc lộ 14E (tại ngã ba Phú Bình)
• Hệ thống các đường huyện.

Đường sắt

Đường sắt Bắc Nam đi song song với Quốc lộ 1A đi ngang huyện tại 2 xã Quế Xuân 2, xã Quế Mỹ.